Структура бюджетного учреждения Ханты-Мансийского автономного округа-Югры «Мегионский комплексный центр социального обслуживания населения» с 1 августа 2022 года включает административно-хозяйственную часть и восемь отделений:
Отделение информационно-аналитической работы
Отделение социального сопровождения граждан
Социально-медицинское отделение
Отделение социальной реабилитации и абилитации граждан пожилого возраста и инвалидов
Отделение социальной реабилитации и абилитации детей с ограниченными возможностями
Отделение психологической помощи гражданам
Отделение для несовершеннолетних "Социальный приют"